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本系修業年限為六年，課程具有與人互動的特性，須具備醫學專業知識、醫療技能與人文素養，須學習鑑別病患之症狀、大體解剖、與病患及醫療團隊溝通、建立醫病關係，且須具有視覺、聽覺、久站、運用肢體操作儀器、迅速移動、控管情緒、具抗壓能力。畢業後將進入醫療、健康促進等相關產業。

藥學系以「培育優良藥師、力行創新服務、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

物理治療係利用聲、電、水、冷、熱、力、光等物理因子來預防、鑑別、評估、治療病患的醫療專業，有別於藥物或手術治療。物理治療的主要內容可以用３Ｍ來形容：運動治療、儀器治療、徒手治療。治療對象則涵蓋四大類：1.急性病患2.慢性病患3.長期復健者4.需疾病預防與保健者。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

1.修業年限六年。
2.課程具有與人互動的特性，須具備醫學專業知識、醫療技能與人文素養，須學習鑑別病患之症狀、大體解剖、
與病患及醫療團隊溝通、建立醫病關係、須具有視覺、聽覺、久站、運用肢體操作儀器、迅速移動、控管情緒、
具抗壓能力。畢業後將進入醫療、健康促進等相關產業。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

物理治療是以實證執業(evidence-based practice)之精神，運用科學理論與方法，評估、分析個案之健康狀況、環境因素、個人因素，並了解其相互影響；其目的為增進或維持個案之身體功能、活動能力與社會參與。而職能治療則著重在活動參與，藉由設計有治療性的活動來預防失能、改善功能與提升生活適應力。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

物理治療師會推拿、按摩
物理治療師只會用電療儀器治療病人

不同於醫學院的其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構；臺大藥學系畢業生的出路不限於醫院與診所，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間。

學生易混淆物理治療師與醫師之差異，醫師以疾病治療為導向，物理治療師以實證執業之精神，運用科學理論與方法，評估、分析與改善環境因素、個人因素與健康狀況之相互影響，以預防、評估、鑑定、增進或維持個案之身體功能、活動能力與社會參與，並增進個案生活品質等成效之健康服務專業。

除了參加藥師執照考試資格的相關科目外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等科目，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

105-108學年度入學學生，可在一年級升二年級時，選擇四年制或六年制的學制。但109學年度入學學生，一律為六年制之學制。

臺大藥學系為國內唯一課程設計採多軌制的藥學科學相關科系，學生可依據性向選擇：一、醫院臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠或藥商；四、藥政管理；其中之一做為主要實習內容，並銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。