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本院以教育及培訓不同動物種別之專業獸醫師與獸醫相關科技之教學及研究人才為目標。

藥學系以「培育優良藥師、力行創新服務、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

本系屬於農業、林業、漁業及獸醫領域，教導學生進行有關各類農業、林業、漁業、畜牧業或獸醫的理論及實務之學習。主要培養具備診治各種動物疾病之獸醫師，培養防治與監控各類傳染病、保障畜產品安全與衛生、發展快速及多元化疾病診斷技術、關懷動物福利與保護動物及培養實驗動物科學的專業人才。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

1、獸醫領域需接觸相當多的英文專有名詞，建議高中生能加強英文能力，特別是在 redaing、writing 以及 communication 上。
2、另外需要對生物醫學領域知識有強烈的求知慾，建議可以從事生物醫學相關或是跨領域研究的科學展覽活動，增廣相關領域知識。
３、事先到獸醫相關領域見實習，以了解獸醫領域相關發展。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

本系主要為培養具疾病診治能力的獸醫師；動物科學科技術學系、畜產學系或畜牧學系則為培養動物飼養及管理能力人才。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

外界以為獸醫系畢業後薪水很高，後來才知道新進獸醫師起薪低，工時長，責任大，直到具有獨當一面的能力時，工作與薪資方成正比。

不同於醫學院的其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構；臺大藥學系畢業生的出路不限於醫院與診所，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間。

(1)
多數人誤認本系只有學習犬貓相關內容，其實獸醫師須學習範圍相當廣泛，包含所有動物別及所有科別。
(2)
多數人誤以為一開始就可以接觸到動物，但其實本系前4年很多課程需要背誦及理解，且需要完成前4年的必修課程，具有獸醫師相關基本知識後，方可進入第5年診療實習課程，才有較多接觸動物的機會。

除了參加藥師執照考試資格的相關科目外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等科目，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

可參閱YouTube上本系製作的「動物醫學面面觀」影片。

臺大藥學系為國內唯一課程設計採多軌制的藥學科學相關科系，學生可依據性向選擇：一、醫院臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠或藥商；四、藥政管理；其中之一做為主要實習內容，並銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。