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本系教育目標旨在培育具有國際觀之公共衛生人才，為拓展學生國際視野，本系鼓勵學生前往海外進行實習，自2012年起持續耕耘，陸續選送學生前往馬拉威參與全球衛生技術人才培育計畫，以提升學生在全球衛生的相關知識技能，增加海外田野實作經驗。臺大公衛學院於2017年成為北美以外第一所獲得美國公共衛生教育委員會(CEPH)認證之公共衛生學院，其下所頒授之學/碩/博士學位均獲認證，具國際公共衛生教育的指標性地位。

藥學系以「培育優良藥師、力行創新服務、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

公共衛生為一科際整合的科學，其範疇橫跨生物統計、流行病學、衛生行政與管理、環境與職業衛生、社會行為科學等五大領域，藉由這些領域專業知能的訓練，培養能夠發現、分析、歸納、解決、管理公共衛生相關議題的專業人才，以追求為全民提供疾病預防與健康促進為目標。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

高中在學期間與公共衛生領域有關之書面報告、實作作品、自然/社會領域探究活動成果，或特殊類型班級之相關課程學習成果。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

臺大公共衛生學系為一綜合型的科系，所提供的課程規劃即涵蓋了綜合的訓練，對於學生在畢業後的升學或就業提供了多元選擇的機會。相較於同為醫藥衛生學群的其他相關科系，公共衛生關注的議題著重在群體健康的層面，例如公共衛生政策、環境健康議題等；而其他醫藥衛生相關科系多偏重於個體健康的層面。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

1.不僅只與”衛生”的工作有關，更著重與群體及環境”健康”相關的工作範疇。
2.出路多元，除了一般大眾所熟知的政府機關及衛生醫療體系，在產業界、學術界亦有本系校友的投入，也都有亮眼的表現。
3.可參與的證照考試不僅只於環職衛相關領域，亦涵蓋健康管理領域如：醫務管理師、健康保險管理師。

不同於醫學院的其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構；臺大藥學系畢業生的出路不限於醫院與診所，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間。

1.除了基礎性專業知識的傳授，亦強調於實務上的應用，注重實踐能力的培養。
2.不僅有課堂講授，亦延伸至社區行動學習或實驗室實作，提供多元學習的整合訓練。
3.課程規劃內涵橫跨自然科學與人文社會科學，強調跨領域的綜合訓練，素有「小臺大」的別稱。

除了參加藥師執照考試資格的相關科目外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等科目，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

本系所規劃之課程分流模組，係為軟性教學分組，學生於低年級階段以修習核心共同必修課程為主，於高年級階段依個別志趣及未來發展方向擇一領域精進專業課程知能。

臺大藥學系為國內唯一課程設計採多軌制的藥學科學相關科系，學生可依據性向選擇：一、醫院臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠或藥商；四、藥政管理；其中之一做為主要實習內容，並銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。