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本系為五年學制，是台灣第一個成立的私立大學藥學系，本系教師皆具博士學位，校友在國內外各大藥廠、藥商、醫院、社區(連鎖)藥局、政府部門(如食藥署)、教育/研究單位等均有優異表現。

藥學系以「培育優良藥師、力行創新服務、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

學習有關藥物的一切，從有效成分的發現、分析、製造、管理、行銷、研發和藥物在人體內的作用到病人用藥諮詢等臨床技能都涵蓋在內。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

記憶與綜整能力：諸多專業課程目標導向藥師高考，為汲取大量的知識內容，應強化識別、儲存多項資訊的能力，並能快速喚起零散資訊、歸納出要點的綜整能力，可平時訓練專注力、訂定時間內完成學習任務，或在讀書會進行知識統整與交流。
邏輯性與獨立思考：問題導向學習、臨床技能訓練，有一系列開放性問題討論、報告及實作演練，主動學習格外重要，可利用高中期間完成自然科學展覽作品、學習報告，積極尋求新資訊，並能獨立性地思考問題，給予具邏輯性的結論。
社會合作與服務：藥學專業實習達960小時，以期未來藥師從事藥事服務與製藥產業發展，應重視倫理、人文關懷，藉參與高中社團、幹部、志工或偏鄉活動，培養能理解他人感受、與他人互動及共事的能力。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

藥學系為國內目前唯一可考藥師證書的科系。其他如製藥工程系、中國藥學暨中藥資源學系、微生物免疫與生物藥學系、生物科技暨製藥技術系、醫藥化學系、藥用植物與保健學系等，皆不得考藥師執照。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

多數人以為藥學系畢業只能當醫院或診所包藥的藥師，那只是藥師出路的一部份，有更多的藥師在藥廠、生技公司裡，不論是製藥、品管、臨床試驗、行銷，甚至總經理、CEO等都有藥師的身影，另外也能考公職成為公務人員，或受聘當政務官，如本校藥學院前院長吳秀梅轉任衛福部食藥署署長，藥學系的出路絕對比想像的還要廣!
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不同於醫學院的其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構；臺大藥學系畢業生的出路不限於醫院與診所，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間。

外界常誤以為藥學系只有學習跟藥物相關的科目，但藥學領域相當廣泛，包含西藥、中藥、香粧品、保健食品、生技相關等。除藥物知識外，醫療保健、病人照護等相關知識亦須學習，另外溝通技巧、病人衛教等社交能力也列於學習地圖中，藉以提昇藥事照顧之功能。

除了參加藥師執照考試資格的相關科目外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等科目，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

1.藥學系修業五年取得「藥學士」或他校修業六年取得「臨床藥學士」，皆可考取藥師執照，取得藥師資格。
2.本系設立臨床藥學、工業藥學、創新醫藥及經營管理四個模組，同學可依興趣及未來職涯發展，加強專業學習。
3.推動5+1學、碩士政策: 學生可在第六年加強藥物科學或臨床訓練，增加研究及邏輯推演之能力，並取得「藥學碩士」或「臨床藥學碩士」。

臺大藥學系為國內唯一課程設計採多軌制的藥學科學相關科系，學生可依據性向選擇：一、醫院臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠或藥商；四、藥政管理；其中之一做為主要實習內容，並銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。