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本系培養具專業素養、終身學習、視野廣闊、關懷社會及多元發展潛力之醫師。此外尚有醫師科研學程，規劃了跨領域並統合大學與研究所課程的訓練學程；同時，招收跨領域生醫人才培育「醫師科學家組」，培養兼具臨床專業與科學研究能力的領袖。本組在培養具仁心仁術、終身學習、視野廣闊、與關懷社會的臨床醫師目標之外，為因應新世代醫學發展的趨勢，另以嶄新的課程設計，培養兼具臨床醫師與科學研究能力的生醫領袖人才。

藥學系以「培育優良藥師、力行創新服務、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

醫學系：透過學習醫學相關知識、技能、判斷以成為具有百分之百國際競爭力的稱職醫師。
或依相關課程設計，培育臨床與研究兼顧，成為擁有醫師與科學研究能力的生醫領袖人才，以及培養兼具數位醫療產業技術研發、創業及領導能力之醫師。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

本系將以創系理念仁心仁術培育本系學子，希望能收到富有終身學習態度，視野寬廣，能夠關懷社會，並具備多元發展潛力特質的學生。
高中階段可參加社團活動、參與社會服務，從自主、多元學習之事蹟中學習且反思。
可上本系網站瀏覽，了解未來在學校的權利與義務，比如應行注意事項、必選修科目表等了解學業規劃細節，並增進英文能力，規劃未來學習計畫。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

醫學系以臨床知能、技能為名，其中並以「人」為主體，補足了醫學人文素養。醫師科學家組重視基礎科學知識及實驗操作技能，學生除成為一位專業領域的醫師外，同時也是一位能獨立研究的科學家。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

醫學系並非僅培育具國際競爭力的醫師，未來包含多種跨領域的職業選項，例如：從事臨床醫療工作、醫學研究工作、公共衛生或衛生行政領域工作、跨領域的醫學及生物科技工作。

不同於醫學院的其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構；臺大藥學系畢業生的出路不限於醫院與診所，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間。

大一大二醫預課程、大三大四基礎臨床整合課程、大五大六臨床實習課程，其中融貫醫學人文及醫師與社會、醫師科研學程、溝通技巧。

除了參加藥師執照考試資格的相關科目外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等科目，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

醫師科學家組：以6年醫學系課程＋1年研究所(陽明交大碩士班)
前兩年接受「跨領域生醫人才培育」基礎科學教育，第三、四年修習醫學基礎與整合課程，參加完第一階段國考後，第五年進入本校研究所就讀，第六、七年回醫學系完成臨床課程。學生完成所有畢業條件後，得同時取得醫學士與碩士雙學位。藉由研究所期間的研究涵養，具備紮實的研究基礎，本組也鼓勵學生繼續進修取得博士學位，成為具有MD-PhD之醫師科學家。

臺大藥學系為國內唯一課程設計採多軌制的藥學科學相關科系，學生可依據性向選擇：一、醫院臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠或藥商；四、藥政管理；其中之一做為主要實習內容，並銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。