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本組之目標為培育環境工程專業人才，使學生面對環境永續發展時，具備解決問題之知識與能力。除了完整的基礎專業學理知識修課規劃，系上更提供資源安排專題實作課程，使學生有親自實作之訓練，整合課堂學理知識並培養創新設計、規劃與執行之專業工程師能力。此外每學期安排的工程參訪及企業實習，使學生能瞭解環境工程相關工作之實務需求。畢業後可報考環境工程技師。

「國立清華大學生醫工程與環境科學系」(Department of Biomedical Engineering & Environmental Sciences) (以下簡稱醫環系) 生醫工程科學與環境科學是二十一世紀前瞻的科學領域，配合國家發展、社會需求、國際趨勢，未來將以原子、分子、及奈米技術為核心，配合健康與安全二大面向，發展醫學與環境的應用。

環境工程學是以化學、物理學及生物學為基礎，用以解決環境問題之應用學科，專業知識包含環境化學、給水工程、污水工程、空氣污染控制及固體廢棄物處理等課程。近年來以永續為基礎之經濟轉型已成為人類社會未來之清晰路徑，環境工程配合此目標也加入淨零碳排、環境永續等整合性知識，結合工程的方法達成人類活動與環境永續共存之目標。

生醫工程科學與環境分子科學，係建立在物理與化學的基礎之上，而應用於生物、醫學與環境之跨領域科學，不但需求性高、發展迅速、而且極具挑戰性。本系歷史悠，既保有傳統又開創前瞻，以強化跨領域的特色與領先地位。

學習物理、化學或生物等基礎學科與知識時，除了能深入理解其基礎原理，也能廣泛接觸目前此知識在環境領域的相關應用。可透過學校自然科學實驗課程或參與科展的過程，親自設計、操作、整理與分析結果並驗證理論，培養動手做及應用能力。此外環境工程領域人才需關注目前世界上環境永續重要議題與國際接軌。

由於醫環系前兩的年基礎學習方向較廣，需要盡快進入主動學習的習慣。建議高中生可以開始嘗試調整獨立自主的學習心態，建立自律的讀書與生活常規。

環境工程以化學、物理及生物為基礎，並在工程中應用以解決環境問題，達成永續環境的願景。 「工程」著重於解決問題，「科學」指的是瞭解事物問題來由，本系除需理解問題來由，還注重以工程的方法解決問題為核心目標，與環境科學相關科系有所區隔。本系就讀學生透過適當之課程安排與規劃，可同時具備報考水利工程技師及環境工程技師，這是其他校系無法提供的特點。

厚實物理、化學、生物醫學等基礎科學之能力具備跨領域應用科學整合所需之廣泛整合知識之能力啟發獨立思考與創新之能力薰陶領袖氣質、品格高尚健全之能力瞭解專業倫理及社會責任之能力開創國際視野之能力。

學生常誤解水環系環工組畢業後只能到環保署、環保局或污水廢棄物處理等相關單位服務。事實上，只要是與環境相關的問題，皆與本系相關，因此應用層面廣泛。除了學術界或研究機構以外，業界的發展出路甚廣，例如：半導體業、光電業、能源產業、永續管理、生醫製藥、環境檢驗、民生建築工業及土木工程業等。
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本系廣泛的學習，於高年級將專精於特定領域，將學有專長，廣受電機、化工、化學、材料、生科相關科系喜愛。

環境工程常被誤解為清除垃圾，環境採樣與分析等一般例行性勞務工作，此為錯誤之刻板印象。本系注重於學生之專業訓練包含剖析複雜環境問題的關鍵成因、創新與彈性的設計處理系統方案，使學生有能力規劃搭配各工程技術為一程序組合，因地制宜的解決各類型環境問題，未來發展與環境永續、淨零碳排、循環經濟領域高度相關。

本系專精於理工相關知識，未來出路在於科技業等相關產業，就業容易。

舉凡與環境相關的問題，皆為本組學習之範疇，畢業後的就業層面極為廣泛，除了可報考國家考試進入公職領域如環保署、環保局、自來水公司，國內大型工程顧問公司之環境工程部門、環境工程顧問公司、也可進入高科技廠中擔任廠務工程師或環境工程師，另外目前新興的企業永續管理師，或有關碳盤查、減碳等相關工作，都與本系有高之度關聯性，未來工作性質穩定，人力需求高。

清華醫環相較於其他學校醫工，理工訓練更為扎實，搭配清華卓越研究資源，將成為一個未來人才。