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本系成立宗旨在造就建設與保護海洋環境所需的規劃、工程設計與管理方面人才，除積極研究海洋環境變遷、藍色能源、生態工程、人為汙染及其防治對策，同時亦探究發展海洋工程技術與資源有效利用的技術與制度，以永續利用自然資源、提昇環境品質。海工系為一整合性的新興學門，畢業後不論在進修或就業方面都極具發展潛力，尤其政府宣示海洋立國，前景無可限量。

本系成立已有63年的歷史，為臺灣唯一的水利及海洋工程學系，以培育全方位的水利及海洋工程專業人才為目標。至今畢業系友眾多，多在國內外工程單位及研究機構服務，貢獻才智於水利事業，表現優異，極受業界讚賞。本系師資完整、設備優良、教研成果豐碩、國際交流頻繁、產學合作項目經費在臺灣相關學系中首屈一指，與世界其他系所比較亦不遜色。

本系課程就保護海洋環境所需的規劃設計與管理專業知識等各方面，做綜合性考量，包含一般工程學系所應具備之基礎力學與應用數學相關，同時著重海洋環境相關之基本原理及工程技術，結合海洋與近岸兩空間，就海洋環境管理體制、海洋工程技術、生態工程、海洋環境污染與防治、及海洋基礎科學如海洋物理與化學、海洋地形與地質、及海洋生態系統等，規劃整體性課程。

水利及海洋工程學系主要在研究及管理水的一切事務，無論是陸地上的水或海水都屬於本系研究的範圍。
研究內容包含了水庫清淤、水資源管理、防洪工程、灌溉排水、土石流、河川整治、水土保持工程、生態保育與工程、離岸風機、港灣修復、海洋與海岸災害(瘋狗浪、颱風波浪、海岸溢淹、海洋垃圾、海平面上升)等。

工程教育的最終目標在培養學生成為有能力發現問題，運用所學知識解決問題的人才，因此在修習各門基礎學科理論時，除了概念外，更應重視其應用面，如何應用具備之學理知識，解決實務上的問題。為因應科技日新月異知識爆炸的時代，建議學生除了訓練自己將學科內容歸納與融會貫通外，亦需具備主動學習、團隊合作等能力。此外，提升英文的聽說讀寫能力，可以拓展學習涉略範圍，接軌國際開闊視野，大幅增加學習效果，對學生未來職涯發展更有所助益。

在高中時期除了充實自己的學科基礎外，語言的學習亦是重要，在大學時期多數書籍都採原文書籍，有基本的能力較能順利進入基礎課程的學習之中；工程人才不外乎要能具備發現問題、解決問題的能力，更要能有合作的能力，在高中時期，可透過參與實作課程，先行學習發現問題，嘗試解決回答它，將有助於提升自己的觀察力，歸納與融會貫通的能力，同時也能培養動手做的實力；另外亦可參與社團、小組專題報告等活動，以學習人與人的互動及合作。

本系為整合性之學系，包含水利工程、土木工程、環境工程、生態工程等相關領域，亦涵蓋海洋科學及海岸工程學，因此與上述系所有所不同。

與水利相關的科系主要有土木系及環工系，但三系所在課程與研究方向上有著明顯的不同。土木系主要著重在結構及力學；環工系著重在研究水的「化學變化」，例如汙水的處理；水利系著重與水資源與海洋相關的議題，以及水的「物理變化」，例如水循環的應用、水資源規劃，甚至可延伸出土石流防治工程，或是沿海離岸風機的設置。

許多同學以為本系畢業生只能待在海上，其實不然，本系所學領域甚廣，含水利、土木、環工、海洋，所以畢業生的出路廣泛，可從事例如海岸工程、海事工程、離岸風電等產官學研工作。

水利系畢業後可參與水庫建設、海港建設、灌溉排水等工程，而非從事水電工、挖水溝及修理水龍頭等工作。

許多高中生認為本系是否要出海捕魚？
本系開設一門必修課為海上實習，提供學生於海上作業的觀摩與實作機會，使學生了解海上觀測作業的流程以及必備的知識。並非一直要出海，也並非捕魚。
本系非傳統環工系，為整合性之學系，包含水利工程、土木工程、環境工程、生態工程等相關領域，亦涵蓋海洋科學及海岸工程學。

土木、環工和水利的研究領域相似，因此常被混淆…其實，三系所的研究重心不太一樣。
土木系著重在結構與力學；環工系著重在研究水的「化學變化」，例如汙水的處理；水利系著重與水資源與海洋相關的議題，以及水的「物理變化」，例如水循環的應用、水資源規劃，甚至可延伸出土石流防治工程，或是沿海離岸風機的設置等。

本系具備海洋工程、土木工程、環境工程、生態工程等綜合專長，因此本系畢業生有眾多職涯選擇，除可選擇已日漸成熟之離岸風電相關產業，如海事工程、水下探測、港灣工程建設等，也可回歸傳統陸地的土木營造、環工、水利等就業市場，可謂海陸通吃，大大擴充職涯發展可能性，此外本系授予工學士，故也可往高科技電子、光電產業發展。與本系相關之就業單位有政府機關、研究機構、民間企業、專業技師等。

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