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本系成立宗旨在造就建設與保護海洋環境所需的規劃、工程設計與管理方面人才，除積極研究海洋環境變遷、藍色能源、生態工程、人為汙染及其防治對策，同時亦探究發展海洋工程技術與資源有效利用的技術與制度，以永續利用自然資源、提昇環境品質。海工系為一整合性的新興學門，畢業後不論在進修或就業方面都極具發展潛力，尤其政府宣示海洋立國，前景無可限量。

水資源工程組教師的專業領域多元，包含水資源規劃丶颱風水文氣象、地下水管理、洪災管理、溼地生態、AI人工智慧的應用。學生在大三升大四的暑假可以申請暑期實習，實習機構包含公家機關及業界著名的工程顧問公司，透過實習可以讓學生提早接觸職場的工作內容。學生畢業後可從事水利工程或永續發展等相關工作，報考水利工程技師。

本系課程就保護海洋環境所需的規劃設計與管理專業知識等各方面，做綜合性考量，包含一般工程學系所應具備之基礎力學與應用數學相關，同時著重海洋環境相關之基本原理及工程技術，結合海洋與近岸兩空間，就海洋環境管理體制、海洋工程技術、生態工程、海洋環境污染與防治、及海洋基礎科學如海洋物理與化學、海洋地形與地質、及海洋生態系統等，規劃整體性課程。

除了傳統的水資源工程、流體力學、水文學、防洪及排水工程外，水資源工程組強調氣候變遷的影響及資訊科技整合應用，開設符合時代潮流與未來趨勢的專業應用課程。以永續發展為前提來解決水資源的相關問題，甚或以預防的方式避免缺水或洪水災害。

工程教育的最終目標在培養學生成為有能力發現問題，運用所學知識解決問題的人才，因此在修習各門基礎學科理論時，除了概念外，更應重視其應用面，如何應用具備之學理知識，解決實務上的問題。為因應科技日新月異知識爆炸的時代，建議學生除了訓練自己將學科內容歸納與融會貫通外，亦需具備主動學習、團隊合作等能力。此外，提升英文的聽說讀寫能力，可以拓展學習涉略範圍，接軌國際開闊視野，大幅增加學習效果，對學生未來職涯發展更有所助益。

關心環境議題，了解目前全世界的水問題及碳排問題。積極學習態度，遇到不解決的問題（例如數理題目），要主動去尋找解決的方法（例如閱讀課本、向老師或同學詢問）。

本系為整合性之學系，包含水利工程、土木工程、環境工程、生態工程等相關領域，亦涵蓋海洋科學及海岸工程學，因此與上述系所有所不同。

水資源工程以水文及水理為基礎，結合資訊科技應用，達成安全用水的願景。比較容易和本系混淆的是海洋工程學系，他們包含港灣修復、海洋與海岸災害等，而水資源工程則是著重於水的物理變化，例如水循環的應用、水資源規劃、都市排水及土石流防治工程。

許多同學以為本系畢業生只能待在海上，其實不然，本系所學領域甚廣，含水利、土木、環工、海洋，所以畢業生的出路廣泛，可從事例如海岸工程、海事工程、離岸風電等產官學研工作。

水環系的課程設計訓練紮實，學生常誤解水環系水資源組畢業後僅可考公職到水利署、河川局相等相關單位服務。事實上，除了公部門之外，學術界和研究機構、半導體業、光電業、生醫製藥、建築業、土木工程業等，皆有水環系畢業生。
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許多高中生認為本系是否要出海捕魚？
本系開設一門必修課為海上實習，提供學生於海上作業的觀摩與實作機會，使學生了解海上觀測作業的流程以及必備的知識。並非一直要出海，也並非捕魚。
本系非傳統環工系，為整合性之學系，包含水利工程、土木工程、環境工程、生態工程等相關領域，亦涵蓋海洋科學及海岸工程學。

本系之教學及研究除了水資源及環工的基礎理論之外，近年因氣候變遷造成之極端多雨、極端少雨對於台灣各種面向的衝擊顯著，因此本系強調氣候變化影響及人工智慧、資訊科技整合應用，以強化學生對於水環境問題快速變化的應變實作能力，發揮所長至水資源工程等重要產業，解決或預防水資源問題。

本系具備海洋工程、土木工程、環境工程、生態工程等綜合專長，因此本系畢業生有眾多職涯選擇，除可選擇已日漸成熟之離岸風電相關產業，如海事工程、水下探測、港灣工程建設等，也可回歸傳統陸地的土木營造、環工、水利等就業市場，可謂海陸通吃，大大擴充職涯發展可能性，此外本系授予工學士，故也可往高科技電子、光電產業發展。與本系相關之就業單位有政府機關、研究機構、民間企業、專業技師等。

水環系主要學習水文學、水資源工程、給水工程、水質分析等科目，舉凡與水相關的問題，例如：洪水災害、缺水問題、水資源調配、地下水、水質處理、空氣品質...等，皆為本系學習之範疇，畢業後的就業層面廣泛。

近年氣候變遷之極端多雨、極端少雨對於台灣各種面向的衝擊顯著，本系強調氣候變化影響及資訊科技整合應用，提供多元學習環境，以強化學生對於水環境問題快速變化的應變實作能力。