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本系師資涵蓋生物學、輔具設計、生醫材料、AI、生醫電子、IoT物聯網、生理感測、臨床醫學等專長。教學方向分為智慧醫療、醫學材料應用。與醫生、治療師等專業人員聯合授課，培養學生實作經驗與檢測能力。設有多間檢測實驗室教學，期許學生畢業後報考醫學工程師、CAD及IoT等證照，增加學生就業與升學機會。

「生物醫學工程」為橫跨「醫學」與「工程」兩大基礎領域，長庚大學同時擁有工學院、醫學院及可配合教學的長庚醫院及師資提供臨床實務教學場域，為此學系的最佳選擇。而同屬台塑集團的台塑生醫及長庚醫學科技公司，也可提供學生產業實習場域及針對醫材產業發展人才培育給予課程建議。在中華工程教育學會「國際工程教育認證」規範下，以「臨床與產業並重」課程設計，培育新世代智慧醫療器材醫工師為長庚醫工的特色。

本系著重扎實的工程訓練與醫學涵養，以工程技術解決生物醫學及臨床的議題，發展創新的人工智慧、醫學影像技術、生理感測元件、IoT與穿戴裝置、醫學材料及醫療產品設計。其特色實驗包含如生醫材料檢測、醫療資訊與電子、物聯網、智慧醫療輔具檢測，學習內容符合就業市場需求，以因應生物科技與醫療照護產業的發展趨勢。

生物醫學工程是工程技術和醫學科學多學科交叉的跨領域學門，運用現代科學及工程技術之理論和方法，研究新材料、新技術、新儀器設備等，用於預防疾病、治療疾病、健康促進，進而提高生活品質及醫療水準的學科。

本系整合工程、生物醫學、醫學電子與資訊及臨床應用的教學方向，以工程方法解決生物醫學問題，致力於實現醫學普及與智慧醫療的目標。教學方向分成二大類(二選一) : (1)智慧醫療(2)醫學材料應用，教學內容包含基礎醫學、生理學、生物學、普物普化，而(1)智慧醫療: AI、生醫感測、影像處理技術、3D列印與掃瞄、智慧輔具、醫用感測器、感測元件醫學應用、保健電子裝置。(2)醫學材料應用:生物醫學檢測、高分子生醫材料、表面鍍膜技術、材料分析與檢測、電腦輔助設計、鈦合金器械等知識，可以學習到醫學領域不可或缺的專業職能。

對數理與生物學科並重，具溝通及領導特質、喜好創意與實作的跨領域學生：
(1)對於數理與生物等自然學科的課程學習；
(2)申請本學系動機和願景
(3)人格特質或興趣與本學系相符之處
(4)相關競賽成果或其他榮譽與自主多元學習作品
(5)各項成果提供與說明自己貢獻比例與心得

與本系相似的科系包含「生物醫學工程」、「生醫科學與工程」等系。本系是將工程技術應用於醫學相關領域上，包括生醫材料、醫學影像、醫學量測與儀表、生理訊號與感測、AI、物聯網、智慧輔具設計、醫學電子等。而生科系或生物醫學系著重在基因、染色體、蛋白、食品、酵素與生化工程的應用與發展，與醫學工程學習有所差異。

「生物醫學工程」為跨「醫學」與「工程」兩領域，因此有工學院，醫學院及可配合教學的醫院為就讀此學系的最佳選擇。長庚大學有工學院及醫學院，長庚醫院一直以來為長庚大學的臨床教學場域，可提供相對豐富的實務臨床教學。台塑集團的台塑生醫及長庚醫學科技公司，也可提供學生產業實習場域及針對產業發展人才培育給予適時建議。從智能傳授到臨床實習到產業製銷，長庚大學醫工系具備可提供學生醫療器材一完整生命週期的訓練。

本系畢業學生的出路主要從事生醫、生技、醫療法規、生醫訊號、物聯網、AI人工智慧、醫療器材研發相關的工程師。學生畢業後從事生醫產業、生技產業、醫藥產業、醫療器材產業以及在醫院工作或報考公家機關，亦可繼續深造生物醫學工程碩士班。

並非【工不工，醫不醫】，而是可工可醫。可以藉由專業學程選修課程，再進一步特別強化工程技術能力或生物醫學知識。

醫工系常與生物科技系、生物醫學系等學系混淆。然而本系著重扎實的工程科技與醫學知識訓練，幫助學生在專業涵養及培訓醫學工程師考照及IoT物聯網國際證照，讓學生獲得充分教學環境與設備進行醫學工程領域的培育，可應用於解決生物醫學及臨床的議題。

以工程技術為基礎跨足生命科學研究，仍以工程領域為主並非醫學。以應用工程科學學理知識及技術，解決目前醫療上所遭遇的問題，以增進對健康福祉的需求或對生理系統運作有更進一步的認識。生理、解剖等課程為簡易版主要為了解生理結構與訊號物理意義，並非如醫學院以診斷及治療為主。

醫學工程相關產業正如以前台灣半導體產業起飛階段，台灣現有優質的醫學與工業技術基礎，有利於醫療產業發展。本系培養的醫工的跨領域專業人才符合產業人才需求，其發展特色如：智慧醫療與醫學影像、醫學材料與應用、醫療產品設計與研製。每個學生自大一起有自己的師徒師及班級導師，一方面輔導課業學習，一方面在充足生醫工程領域教學環境引導學生學習專業，根據興趣建議學生的選修課程及職涯發展的方向。

從工程的角度來看「聽診器」是生理訊號放大的儀器；「隱形眼鏡」材料要柔軟性，高含水、透氧又不傷眼睛且透明。每個診斷及醫護行為的背後，都有工程人才著墨的痕跡。醫工人，則是工學與醫學的橋樑溝通師。長庚醫工除一般課程外，主要特色為結合企業資源，由長庚醫院醫師引領至醫院見習，介紹醫療器材在各科別的應用情形與期望改進效能之處，更能體會醫工人的重要性；至台塑醫材相關事業體實地見習，可瞭解產業現狀及所需具備技能。