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本系之研究領域除灌溉排水技術外，尚包括農業災害防治、注重生態環境發展、生物環境工程技術及農村環境規劃等。

本組之目標為培育環境工程專業人才，使學生面對環境永續發展時，具備解決問題之知識與能力。除了完整的基礎專業學理知識修課規劃，系上更提供資源安排專題實作課程，使學生有親自實作之訓練，整合課堂學理知識並培養創新設計、規劃與執行之專業工程師能力。此外每學期安排的工程參訪及企業實習，使學生能瞭解環境工程相關工作之實務需求。畢業後可報考環境工程技師。

生工系為「建構永續環境的工程師」：更進一步脫離傳統以「人」為主的工程思維，往「環境」的評估與規劃發展，嘗試以系統性的工程方法解決問題。

環境工程學是以化學、物理學及生物學為基礎，用以解決環境問題之應用學科，專業知識包含環境化學、給水工程、污水工程、空氣污染控制及固體廢棄物處理等課程。近年來以永續為基礎之經濟轉型已成為人類社會未來之清晰路徑，環境工程配合此目標也加入淨零碳排、環境永續等整合性知識，結合工程的方法達成人類活動與環境永續共存之目標。

大學實驗課程除了重視實驗過程之細節外，更重視實驗結果之分析與問題檢討，未必會有標準答案，建議高中同學藉由實驗課程培養驗證科學之精神及問題探討。另本系致力於培育具有分析、創新及解決問題能力，並具備健全品格及關懷社會及生物資源與農業科學之專業科技人才，建議同學除了認真學習高中學業外，亦要時時關注與自身息息相關之各項議題，發現問題，結合本系相關課程及專題研究尋求問題之解答，並學習解決問題之能力，以充實自己。

學習物理、化學或生物等基礎學科與知識時，除了能深入理解其基礎原理，也能廣泛接觸目前此知識在環境領域的相關應用。可透過學校自然科學實驗課程或參與科展的過程，親自設計、操作、整理與分析結果並驗證理論，培養動手做及應用能力。此外環境工程領域人才需關注目前世界上環境永續重要議題與國際接軌。

生工與生命科學：生工是「工程」，目標是結合工程與生態的概念，因此我們關心的是整體生態系統是否受到影響，在開發同時也能維持永續經營。而生科是「科學」，目標是了解各種生物體的特性與各種生物之間的差異。
生工系與生物工程：生工系主要研究工程對環境的影響，營造永續環境；生物工程則是將數、物、化等學科結合生物學，應用於醫學、食品等等。

環境工程以化學、物理及生物為基礎，並在工程中應用以解決環境問題，達成永續環境的願景。 「工程」著重於解決問題，「科學」指的是瞭解事物問題來由，本系除需理解問題來由，還注重以工程的方法解決問題為核心目標，與環境科學相關科系有所區隔。本系就讀學生透過適當之課程安排與規劃，可同時具備報考水利工程技師及環境工程技師，這是其他校系無法提供的特點。

本系課程規畫以畢業後能考取「水利工程」技師以及「水土保持」技師為主，而「建築」相關課程雖在本系有開設永續綠建築、建築環境控制等課程，但本系建築課程之學分並無達到建築技師之最低要求。

學生常誤解水環系環工組畢業後只能到環保署、環保局或污水廢棄物處理等相關單位服務。事實上，只要是與環境相關的問題，皆與本系相關，因此應用層面廣泛。除了學術界或研究機構以外，業界的發展出路甚廣，例如：半導體業、光電業、能源產業、永續管理、生醫製藥、環境檢驗、民生建築工業及土木工程業等。
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系名的「生物」是指「生物環境的」（Bioenvironmental），致力於評估營造友善生物環境的工程，主軸仍在工程上。儘管研究重點不在生物上，但我們仍需要相關的基本知識，因此必修課中才要上普通生物學丙學習最基礎的知識、生態學則教會我們生物與環境之間的關係。

環境工程常被誤解為清除垃圾，環境採樣與分析等一般例行性勞務工作，此為錯誤之刻板印象。本系注重於學生之專業訓練包含剖析複雜環境問題的關鍵成因、創新與彈性的設計處理系統方案，使學生有能力規劃搭配各工程技術為一程序組合，因地制宜的解決各類型環境問題，未來發展與環境永續、淨零碳排、循環經濟領域高度相關。

請參閱本系高中生專區網頁：https://ntubse.github.io/introduction/index.html

舉凡與環境相關的問題，皆為本組學習之範疇，畢業後的就業層面極為廣泛，除了可報考國家考試進入公職領域如環保署、環保局、自來水公司，國內大型工程顧問公司之環境工程部門、環境工程顧問公司、也可進入高科技廠中擔任廠務工程師或環境工程師，另外目前新興的企業永續管理師，或有關碳盤查、減碳等相關工作，都與本系有高之度關聯性，未來工作性質穩定，人力需求高。