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本系創立於1971年，由美籍傳教士羅芳華博士以美國最好的音樂系，例如伊士曼音樂學院、印第安那大學音樂院作為參考，學理與展演並重。師資陣容堅強，專任教授多擁有歐美博士學位，外籍教師比例高。重視國際化教育環境，經常邀請國外知名音樂家、學者，舉辦音樂會、大師班、學術研討會、講座及暑期音樂節。本系七大合奏(唱)樂團及歌劇團，每年定期於國內外巡迴演出。

本系課程期培養學生音樂表演藝術專長、音樂專業知能及教學能力，以提升學術研究之專業風氣外，更拓展學生鄉土意識與國際視野，促進中西音樂交流與創新。在課程規劃上兼顧音樂演奏與教學能力，並增設跨領域課程，如爵士音樂理論實作、電腦音樂、流行音樂等，針對現今社會環境提升學生專業與就業能力。

本系為西方古典音樂學系，以培養音樂相關領域專業演奏(唱)、創作人才為目標。主修組別包括鋼琴、電子琴、聲樂、弦樂、管樂、打擊樂、作曲。

台南大學音樂學系包含古典音樂專業科目、音樂教育、爵士、流行、電腦音樂、世界音樂等相關音樂學科。

提升個人演奏(唱)專業能力、具備充足的基礎樂理知識

一、參與校內外音樂社團，如合唱團、弦樂團、管樂團、吉他社、國樂社、流行音樂社、交響樂團、直笛團等，並參與演出。
二、學習器樂或聲樂(獨唱)的課程。
三、參與音樂欣賞類型之課程或社團。
四、定期觀賞音樂會演出。

整體課程設計著重獨立思考與創意啟發，目標為培育具國際視野的專業音樂人才，奠定日後進入職場所需的良好基礎。

本系常與國立台南藝術大學音樂學系受人混淆，南藝大是七年一貫，南大則是一般大學，另有碩士班與碩士在職專班。

音樂系的學生就業有困難嗎？路途會特別狹窄嗎？
音樂系學生在求學過程中所培養的專注力、組織能力、應變能力、創造力、美感鍛鍊以及解決問題的能力，進入職場後，即使是非音樂類的工作，亦能迅速掌握要點，成為成功的典範。

問: 畢業後馬上成為演奏家?
答: 除非學生期間苦練苦練再苦練並參加很多大大小小的表演、比賽累積實力與知名度，否則較難一畢業就馬上成為演奏家。

各項樂理課程的核心目標是裝備學生學習音樂的基本能力, 從讀譜, 視奏, 分析, 到應用, 更進一步與演奏能力相輔相成, 培育出具備份專業智能與演奏能力的音樂專才。

1. 問:我想念流行音樂，可以考音樂系嗎? 答: 本系以古典樂為主，系上有另開設關於流行音樂製作等選修課，讓學生在選課上有更多選擇。
2. 問: 我在高中有參加吉他社，可以考吉他主修嗎? 答: 本系吉他主修為古典吉他，技法跟一般吉他不一樣，需有一定的古典吉他基礎與技巧才建議報考吉他主修。

本系有兩大目標：
一、給學生紮實的音樂基礎教育，例如樂理、音樂史、樂曲研究、語韻學，嚴謹程度比照歐美一流音樂學府。
二、安排校內外及國際演出機會，並與國際級大師、國內外學生團體同台演出，讓學生參與多姿多采、豐富的舞台展演。

本系旨在培養演奏與音教人才，師資方面現有專兼任共有67位教師，均畢業於國內外知名音樂系所，各有學術專精與豐富表演經歷。在課程方面：本系課程規劃兼顧樂器演奏和音樂教學能力，並增跨領域課程，使學生能有更多修課選擇，不只學習專業技能；亦培養多面向知識與學養。此外，本系於每學期安排多場大師班、專業講座、音樂會等活動，邀請國內外知名音樂家、演奏家蒞臨交流指導，給予學生更多歷練機會與累積舞台經驗。